PhD dalam Bioinformatika

University of Tehran, Kish International Campus

Deskripsi Program

Baca Keterangan Resminya

PhD dalam Bioinformatika

University of Tehran, Kish International Campus

pengantar

Bioinformatika adalah ilmu interdisipliner pada antarmuka ilmu biologi, informasi dan komputasi, menggunakan perhitungan untuk memahami biologi lebih baik. Bioinformatika melibatkan analisis data biologis, terutama DNA, RNA, dan sekuens protein. Bidang bioinformatika mengalami pertumbuhan eksplosif dimulai pada pertengahan 1990-an, sebagian besar didorong oleh Proyek Genom Manusia dan oleh kemajuan pesat dalam teknologi sekuensing DNA. Teknologi terbaru dan baru menghasilkan kumpulan data biologis dari resolusi yang terus meningkat yang mengungkapkan tidak hanya urutan genom tetapi juga RNA dan kelimpahan protein, interaksi mereka satu dengan yang lain, lokalisasi subselular mereka, dan identitas dan kelimpahan molekul biologis lainnya. Ini membutuhkan pengembangan dan penerapan metode komputasi yang canggih. Bioinformatika menggunakan pendekatan komputasi untuk menganalisis pola dalam data biologis dan untuk menciptakan model kompleks aktivitas biologis, termasuk upaya untuk menjelaskan fungsi gen dan interaksinya dalam Pathways genetik. Manfaat sosial yang luas diharapkan dari eksploitasi kekayaan pengetahuan baru mengenai mekanisme genetik kehidupan dan proses terkait.

Analisis dalam bioinformatika terutama berfokus pada tiga jenis dataset besar yang tersedia dalam biologi molekuler: struktur makromolekul, urutan genom, dan hasil eksperimen genomik fungsional (misalnya data ekspresi). Informasi tambahan termasuk teks makalah ilmiah dan "data hubungan" dari Pathways metabolik, pohon taksonomi, dan jaringan interaksi protein-protein. Bioinformatika menggunakan berbagai teknik komputasi termasuk urutan dan penyejajaran struktural, desain database dan penambangan data, geometri makromolekular, konstruksi pohon filogenetik, prediksi struktur dan fungsi protein, penemuan gen, dan pengelompokan data ekspresi. Penekanannya adalah pada pendekatan mengintegrasikan berbagai metode komputasi dan sumber data heterogen.

Tujuan utama dari program PhD di Bioinformatika di kampus internasional Kish adalah untuk melatih generasi berikutnya dari ahli biologi komputasi untuk karir di akademisi, industri, dan pemerintah.

Kurikulum PhD

The PhD Bioinformatika membutuhkan penyelesaian 32 kredit, satu set program inti (9 sks), seminar (1 kredit) dan 8 kredit mata kuliah pilihan dan tesis PhD (18 sks). Penekanan utama dari program ini adalah pada penyelesaian yang sukses dari proyek penelitian asli dan independen yang ditulis dan dipertahankan sebagai disertasi.

Ujian yang komprehensif

Ujian komprehensif harus diambil paling banyak pada akhir semester ke-4 dan diperlukan sebelum seorang siswa dapat mempertahankan proposal PhD. Siswa akan memiliki dua peluang untuk lulus Ujian Komprehensif PhD. Jika siswa menerima evaluasi "tidak memuaskan" pada upaya Ujian Komprehensif pertama mereka, siswa dapat merebut kembali kualifikasi sekali. Kegagalan kedua akan mengakibatkan penghentian dari program. Ujian Komprehensif dirancang untuk memastikan bahwa siswa mulai awal dalam memperoleh pengalaman penelitian; itu juga memastikan bahwa siswa memiliki potensi untuk melakukan penelitian tingkat doktoral.

PROPOSAL PhD

Proposal PhD harus mengandung Tujuan Khusus, Desain dan Metode Penelitian, dan Usulan Kerja dan Garis Waktu. Selain itu, proposal juga harus mengandung bibliografi dan, sebagai lampiran, setiap publikasi / materi tambahan. Siswa harus mempertahankan proposal skripsi mereka kepada komite mereka dalam ujian lisan.

TESIS

Seorang siswa harus memilih penasihat tesis (dan satu atau dua co-penasihat jika diperlukan) dalam tahun pertama berada di program PhD, disetujui oleh komite Fakultas. Pada tahun kedua, sebuah komite tesis yang disarankan oleh penasihat bersama dengan proposal PhD harus diserahkan untuk disetujui. Komite tesis harus terdiri dari minimal lima anggota fakultas. Dua anggota komite tesis harus berasal dari Universitas lain di tingkat Associate Professor. Tidak lebih dari akhir semester 5, seorang mahasiswa harus mempresentasikan dan membela proposal PhD tertulis.

PROGRESS PENELITIAN

Seorang siswa diharapkan untuk bertemu dengan komite tesisnya setidaknya sekali setahun untuk meninjau kemajuan penelitian. Pada awal setiap tahun kalender universitas, setiap siswa dan penasihat siswa diminta untuk menyerahkan penilaian evaluasi kemajuan siswa, menguraikan pencapaian dan rencana tahun lalu untuk tahun berjalan. Komite tesis meninjau rangkuman ini dan mengirimkan surat kepada siswa yang meringkas status mereka dalam program. Siswa yang gagal membuat kemajuan yang memuaskan diharapkan untuk memperbaiki kekurangan dan pindah ke tonggak berikutnya dalam satu tahun. Kegagalan untuk melakukannya akan mengakibatkan pemecatan dari program.

PhD DISERTASI

Dalam 4 tahun setelah memasuki program PhD, siswa diharapkan untuk menyelesaikan penelitian tesis; siswa harus memiliki hasil penelitian yang diterima atau dipublikasikan dalam jurnal peer-review. Setelah mengajukan tesis tertulis dan pembelaan publik dan persetujuan oleh komite, siswa diberikan gelar PhD. Pembelaan akan terdiri dari (1) presentasi disertasi oleh mahasiswa pascasarjana, (2) interogasi oleh khalayak umum, dan (3) pertanyaan tertutup oleh komite disertasi. Siswa akan diberitahu tentang hasil ujian pada penyelesaian ketiga bagian dari pertahanan disertasi. Semua anggota komite harus menandatangani laporan akhir dari komite doktor dan versi terakhir dari disertasi.

IPK minimal 16 di atas 20 harus dipertahankan untuk kelulusan.

Program Leveling (tidak berlaku untuk gelar)

The PhD dalam Bioinformatika mengasumsikan gelar Master di bidang terkait. Namun, siswa yang memegang gelar master lain selain akan diminta untuk menyelesaikan beberapa program leveling berikut yang dirancang untuk memberikan latar belakang untuk program PhD. Kursus leveling ini tidak dihitung untuk kredit pascasarjana menuju PhD di Bioinformatika.

Kursus leveling: Paling banyak 3 program yang dibutuhkan; 6 kredit

Kursus inti: 4 program yang diperlukan; 10 kredit

Mata kuliah Pilihan: 4 mata kuliah wajib, 8 kredit

Deskripsi Kursus

Bioinformatika tingkat lanjut

Konten Kursus:
Pengantar Bioinformatika, Pengantar Biologi Molekuler, Basis Data Biologis, Pengolahan Urutan Biologis dengan MATLAB, Homologi Urutan, Penyelarasan Protein, Penyelarasan Urutan Berganda, Alat Perataan, Metode Biolinguistik, Model Urutan, Model Pola Permukaan, Model Gen, Pengantar Rekonstruksi Filogenetik, Jarak Metode Berbasis, Metode Berbasis Karakter: Kesimanan, Metode Probabilistik: Peluang Maksimum, Microarray, Matlab

Algoritma dalam bioinformatika

Konten Kursus:
Pengantar Biologi Molekuler, Kesamaan Urutan, Pohon Akhiran, Penyelarasan Genom, Pencarian Basis Data, Penyelarasan Urutan Berganda, Rekonstruksi Phylogeny, Perbandingan Phylogeny, Penataan Ulang Genome, Pencitraan Motif, Prediksi Struktur Sekunder RNA, Urutan Peptida, Genetika Populasi

Bioinformatika struktural

Konten Kursus:
Menghambat pemodelan molekuler, Menentukan bioinformatika dan struktural, Dasar-dasar struktur protein, Pencarian dan pengambilan sampel secara struktural, Metode pencarian, Analisis dan pengurangan data, Visualisasi molekuler

Genomik komputasional

Konten Kursus:
Pendahuluan, Konsep Epidemiologi Genetik, Integrasi Analisis Keterkaitan dan Data Sekuensing Generasi Berikutnya, Pemetaan QTL dari Molecular Traits untuk Studi Penyakit Kompleks Manusia, Minat Baru dalam Haplotype Dari Penanda Genetik hingga Prediksi Gen, Pendekatan Analitis untuk Data Urutan Eksad, Analisis Varian Langka dalam Individu yang Tidak Berkaitan, Duplikasi Gene dan Konsekuensi Fungsional, Dari GWAS ke Generasi Berikutnya yang Berurutan pada Penyakit Kompleks Manusia Implikasi untuk Pengobatan dan Terapi Translasional

Pemodelan metabolik

Konten Kursus:
Rekayasa Metabolik Sintetis dari Pemodelan Metabolik ke Rasional Desain Perangkat Biosintetik, Bangunan sterol sintetis secara komputasi membuka rahasia evolusi? , Karakteristik Transportasi Sukrosa melalui Sukrosa Porin Khusus Sukrosa yang Dipelajari oleh Simulasi Molekuler Dinamika, Solver Cepat untuk Elektrostatik Implik dari Biomolekul, Desain Berbasis Model dari Microreactor Biokimia, Mempertahankan biologi pati dengan studi in vitro pada enzim karbohidrat aktif dan biosintetik glycomaterials, Kompartementalisasi dan Transportasi dalam Vesikel Sintetis, standar Metabolomik dan pemodelan metabolik untuk biologi sintetik pada tumbuhan, Apakah Prediksi Konsisten dengan Bukti Eksperimental? , Optimalisasi Produksi Direkayasa dari Prekursor Glucoraphanin Dihomomethionine di Nicotiana benthamiana, Peptida Sintetis sebagai Mimik Protein, Perancah Protein Sintetis Berbasis pada Motif Peptida dan Domain Adaptor Kognitif untuk Meningkatkan Produktivitas Metabolik, Rekayasa Pathways metabolisme oleh saluran enzim tiruan

Pemodelan dalam sistem biologi

Konten Kursus:
Dasar-dasar Biologi, Dasar-dasar Pemodelan Matematika, Kalibrasi Model dan Desain Eksperimental, Pemodelan Proses Seluler, Konversi Enzim, Proses Polimerisasi, Transduksi Sinyal dan Sistem Yang Diatur Secara Genetik, Analisis Modul dan Motif, Metode Umum Analisis Model, Aspek Teori Kontrol, Motif dalam Jaringan Seluler, Analisis Jaringan Seluler, Teknik Metabolik, Karakteristik Topologi

Penambangan data lanjutan

Konten Kursus:
Pengantar Data Mining dalam Bioinformatika, Hierarchical Profiling Scoring dan Aplikasi dalam Metode dan Praktik Bioinformatika Menggabungkan Berbagai Sistem Scoring, Visualisasi Urutan DNA, Proteomik dengan Spektrometri Massa, Analisis Efisien dan Kuat dari Kumpulan Besar Filogenetik, Aspek Algoritma Protein Threading, Diferensiasi Pola dan Formulasi untuk Heterogen Data Genomik, Teknik Tanpa Parameter Tanpa Parameter untuk Analisis Ekspresi Gen, Pemilihan Gen Spriminum Gabungan untuk Klasifikasi Molekuler Kanker, Sistem Analisis Haplotype untuk Penemuan Gen Penyakit Umum, Kerangka Bayesian untuk Meningkatkan Ketepatan Clustering Urutan Protein

Pembelajaran mesin

Konten Kursus:
Mengapa kami tertarik dalam pembelajaran mesin, statistik pembelajaran mesin dan analitik data, pengenalan pola, jaringan syaraf dan pembelajaran mendalam, kelompok dan rekomendasi Pembelajaran, Belajar untuk mengambil tindakan, Kemana kita pergi dari sini?

Desain Obat yang dibantu komputer

Konten Kursus:
Pendekatan Mekanik dan Molekuler Mekanik Quantum, Sistem Transisi Logam, Pemodelan Interaksi Protein-Protein oleh Rigid body, Pemodelan Berbasis QM, Status Saat Ini dan Masa Depan
Sekolah ini menawarkan program di:
  • Inggris


Terakhir diperbarui March 27, 2018
Durasi & Harga
Kursus ini Berbasis Kampus
Start Date
Tanggal mulai
Sept. 2019
Duration
Durasi
Paruh waktu
Penuh waktu
Information
Deadline
Locations
Iran - Teheran, Teheran
Tanggal mulai : Sept. 2019
Tenggat waktu aplikasi Hubungi sekolah
Tanggal selesai Hubungi sekolah
Dates
Sept. 2019
Iran - Teheran, Teheran
Tenggat waktu aplikasi Hubungi sekolah
Tanggal selesai Hubungi sekolah